中共苍南县纪委苍南县监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公室、干部室、宣传教育室、党风政风监督室、信访室（申诉复查室）、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室、机关党委。
此外，设有中共苍南县机关效能监察投诉中心，设有县纪委县监委派驻第一至第六纪检监察组、苍南县委直属机关纪检监察工作委员会。
各内设职能部门及职责简介
一、办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草县纪委县监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关对外联络工作；负责机关后勤管理和服务工作等。
二．干部室：负责县纪委县监委领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；承办有关干部人事工作；组织和指导全县纪检监察系统干部培训工作；负责机关离退休干部工作等。负责监督检查全县纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
三.宣传教育室：负责组织协调党风廉政建设和反腐败宣传工作；负责组织协调党风廉政建设和反腐败教育工作；负责机关的对外宣传、新闻事务和有关网络信息工作；负责组织协调党风廉政建设和反腐败网络舆情信息收集、研判和处置工作，协调县级有关单位和重点新闻网站等做好网络宣传引导工作。
四.党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、落实全面从严治党主体责任情况监督检查、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作、推动管党治党政治责任落实等。
五.信访室（申诉复查室）：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告;受理党员对市纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对县监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请，承办需要由县纪委县监委办理的申诉、申请复审、复核案件;综合分析全县信访举报情况;接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
六.案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理、监督检查全市纪检监察机关依纪依法安全办案情况；
七.第一至第六纪检监察室：履行依纪依法监督执纪审查、依法调查处置的职责。监督检査联系单位领导班子及全县干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况。监督检查联系单位党委(党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检査、督促纪检监察组织落实纪检、监察责任，实施问责。综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见。承办涉嫌违纪、严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议。向监察对象所在单位提出监察建议。办理本辖区内监察对象的监察事项。综合、协调、指导联系派驻(出)机构、乡镇纪委监察办的纪检监察工作等。
八.案件审理室：负责审理县纪委县监委直接审查调查的党纪政务案件，司法机关、行政执法机关等移交需要县纪委县监委追究党纪政务责任的案件，下一级党委、纪委报县委、县纪委批准或者备案的党纪案件;承担县监委的行政复议和行政应诉工作，承办县监委给予政务处分的解除工作；承办乡（科）级党组织、政府（部门）和委机关有关室征求意见的案件，协助下级纪检监察组织查办的违纪违法案件的审理工作；起草案件审理、行政复议、行政应诉和解除行政处分工作的操作性细则，指导全县纪检监察系统的相关业务工作。
九.县机关效能监察投诉中心：作为下属事业单位，受县监委委托履行以下职能：监督检查行政机关和事业单位及其工作人员执行政策和履行职责的情况；依法监督纠正行政机关和事业单位及其工作人员违反职责和行政法规、制度、命令、工作程序，并在政治、经济上造成重大损失或造成行政工作程序紊乱等行为。
十.机关党委：负责机关和直属单位党群工作。
十一.中共苍南县纪委苍南县监委派驻纪检监察组：中共苍南县纪委苍南县监委派驻第一纪检监察组、中共苍南县纪委苍南县监委派驻第二纪检监察组、中共苍南县纪委苍南县监委派驻第三纪检监察组、中共苍南县纪委苍南县监委派驻第四纪检监察组、中共苍南县纪委苍南县监委派驻第五纪检监察组、中共苍南县纪委苍南县监委派驻第六纪检监察组，苍南县委直属机关纪检监察工作委员会。